Pondok Pesantren Putri Al-Lathifiyyah merupakan pondok pesantren putri pertama yang berdiri di lingkungan Bahrul 'Ulum. Keberadaannya pada awal abad 20 tidak lepas dari peran KH Wahab Chasbullah. Pada masa itu, Nyai Lathifah aktif membantu Kyai Wahab Chasbullah dalam mengelola Pesantren Tambakberas.
Awalnya, terdapat sekitar 15 orang masyarakat sekitar Tambakberas yang belajar kepada Nyai Lathifah. Beliau membimbing mereka langsung di kediamannya. Untuk memfasilitasi kegiatan belajar tersebut, atas inisiatif KH Wahab Chasbullah, dibangunlah sebuah surau putri yang sekaligus menjadi tempat mengaji. Melalui surau inilah masyarakat mulai mengenal istilah "santri putri Tambakberas". Setelah wafatnya Kyai Chasbulloh, kepemimpinan Pondok Pesantren Tambakberas diteruskan oleh Kyai Wahab.
Sekitar tahun 1942, Nyai Lathifah wafat dan kepemimpinan dilanjutkan oleh Ibu Nyai Wahab. Tak lama kemudian, dibangunlah kamar-kamar santri dan surau tersebut resmi dinamakan PP Putri Al-Lathifiyyah Bahrul 'Ulum Tambakberas Jombang.
Dalam mengasuh santri, Ibu Nyai Wahab didampingi oleh putra-putrinya. Salah satu putri dan menantu beliau, yaitu Ibu Nyai Hj. Mundjidah Wahab dan KH Imam Asy'ari Muchsin, telah bertahun-tahun ikut mengembangkan dan memajukan PP Putri Al-Lathifiyyah.
Pada tahun 1981, KH Imam Asy'ari Muchsin beserta keluarga menempati rumah di sebelah barat (dekat jalan raya). Saat itu, telah berdiri asrama mahasiswa yang kini berkembang menjadi Pondok Pesantren Putra Al-Wahabiyyah. Kemudian pada tahun 1990–1991, Ibu Nyai Hj. Mundjidah Wahab bersama KH Imam Asy'ari Muchsin mendirikan Pondok Pesantren Putri Al-Lathifiyyah 2.
Pesantren ini merupakan pengembangan dari PP Putri Al-Lathifiyyah 1 yang bertujuan untuk membimbing kaum perempuan menuju kesempurnaan pendidikan agama. Selain itu, lembaga ini bertujuan membantu masyarakat dan pemerintah dalam pendidikan formal maupun non-formal demi mencerdaskan bangsa, serta membentuk manusia yang berilmu, beramal, dan bertaqwa kepada Allah SWT.
Berawal dari 60 santri, PP Putri Al-Lathifiyyah 2 kini telah berkembang hingga memiliki 200 santri dan didukung oleh 30 ustadz/ustadzah. Setelah KH Imam Asy'ari Muchsin wafat pada tahun 1996, kepemimpinan sepenuhnya dipegang oleh Ibu Nyai Mundjidah Wahab dengan bantuan putra-putri beliau. Pada tahun 1996/1997, didirikan pula MDA Al-Asy'ariyah sebagai bagian dari pengembangan pendidikan.